A Vízgyűjtő-gazdálkodási Főosztály az egykori OVF Vízgazdálkodási Főosztályának feladatait örökölte. A névváltoztatás indoka az volt, hogy a 2000-ben megjelent új európai vízjog (2000/60 EU Víz Keretirányelv) számos a magyar vízgazdálkodásban eddig nem művelt, vagy nem a közösségi jog előírásai szerinti vízgazdálkodást gyakorolt.
Az új feladatok, amelynek fókuszában a hidrológiai szempontok szerint kijelölt vízgyűjtő szintű vízgazdálkodás áll, meghatározta a főosztály új nevét. A névváltoztatás természetesen nem jelentette a magyar vízgazdálkodás hagyományaival és sajátosságaival való szakítást, sőt ellenkezőleg, harmonizálja az európai közösségi jog elvárásaival.
A főosztály jól elhatárolható szakmai feladatok alapján három osztályra tagozódik:
A főosztály létszáma 15 fő, amelyből 3 fő közvetlen a főosztályvezető irányítása alatt dolgozik.
A főosztály vezetője Dr. Perger László. Nagy Jánosné titkárnő mellett Kiss Zoltán szakmai főtanácsadó szakértő ellátja a főosztály minden olyan típusú kiegészítő feladatait, amelyek a szakmai osztályok munkájában közvetlenül nem, vagy csak részben illeszthető (pl.: KEOP projekt menedzsmenti feladatok, vízügyi szabványosítási feladatok, sajátos vízépítési termékek kijelölési bizottsági feladatai stb.). Ugyancsak a főosztályvezető közvetlen irányítása alatt dolgozik Tóth György István vízminőségi és biológus főtanácsadó, aki munkájával mindhárom szakmai osztály munkáját segíti. Fő feladata az európai közösségi vízgazdálkodási jog elvárásainak megfelelő mennyiségi és minőségi vízgazdálkodási tevékenység integrálása.